Moderniasasi administrasi perpajakan merupakan salah satu cara pemerintah untuk meningkatkan kepatuhan wajib pajak. Masalah yang timbul apakah modernisasi ini dapat benar-benar meningkatkan kepatuhan wajib pajak. Tujuan penelitian ini adalah membuktikan pengaruh modernisasi administrasi perpajakan. sudut pandang penelitian ini adalah melihat dari sisi petugas pajak terhadap kepatuhan wajib pajak. Populasi dalam penelitian ini adalah petugas pajak di KPP Pratama Kota Madiun. Sampel pada penelitian ini sebanyak 42 orang yang bekerja di bagian pengolahan data dan informasi, pelayanan, penagihan, pengawasan dan konsultasi, pemeriksa, serta ekstensifikasi. Bagian-bagian tersebut dipilih sebab menangani langsung pelayanan kepada wajib pajak, sehingga diperkirakan dapat mengetahui tingkat kepatuhan wajib pajak. Teknik pengambilan sampel adalah purposive sampling. Hasil dari analisis regresi berganda dengan SPSS 17.00 menunjukan bahwa variabel struktur organisasi dan kualitas layanan berpengaruh positif terhadap kepatuhan wajib pajak. Sedangkan variabel fasilitas layanan dengan teknologi informasi dan kode etik tidak berpengaruh signifikan terhadap kepatuhan wajib pajak. Hal ini berarti sistem administrasi perpajakan berpengaruh terhadap kepatuhan wajib pajak namun demikian Fasilitas layanan dengan teknologi informasi dan kode etik belum dirasakan mampu mendorong kepatuhan wajib pajak.